גבעת ווטרשיפ מספר את סיפורם של לוז וחמישון, שני ארנבונים אחים, החיים יחד בארנבייה שלווה על צלע גבעה. יום אחד חש חמישון, הניחן בחוש נבואי, שמשהו רע עומד להתרחש. הוא מזהיר את מנהיג הארנבייה אך נתקל באדישות ולגלוג. לוז מחליט לאסוף קבוצת ארנבונים, ותחת הנהגתו הם יוצאים לחפש מקום מגורים חדש ובטוח יותר. בין הארנבונים בחבורה האמיצה נמצאים ראש-גדול, ארנב מגודל ושש אלי קרב; אשחר, פטל וכסף, סרן אדר ועוזרו יקינתון, שמצטרפים מאוחר יותר, והארנבונים הקטנים יותר, בלוטון, כתמון וקדרון. החבורה האמיצה עוברת קשיים רבים במטרה למצוא להם ארנבייה חדשה, מקום שבו יהיו מוגנים מפני אויבים ובני אדם. הם מוצאים ארנבייה שנראית נהדר, ומנהיגה, בכור-אביב, נראה חבר חדש ונאמן, אך עד מהרה מתברר שסוד איום עוטף אותה.
אחרי תלאות רבות הם מגיעים לגבעת ווטרשיפ, המקום הגבוה והמוגן שחמישון ראה בעיני רוחו. הם מקימים בה את ביתם בעזרתם של עכבר קטן שהצילו ושחף בשם קיהאר. אך כעבור זמן מה הם מבינים שהחיים עדיין לא שלמים, מכיוון שאין להם נקבות איתן יוכלו להתרבות. אז הם יוצאים שוב למסע, והפעם לארנבייה עוינת ואפלה המונהגת בידי ארנבון פראי ומזרה אימה בשם גנרל אשבל. לאחר מאבק עיקש מול אויב ראוי, הארנבונים מצליחים לצאת כשידם על העליונה, ויכולים לחיות סוף סוף בשקט ובשלווה.